Najprawdopodobniej plemię Majos - pierwsi osadnicy wyspy- przybyli na Fuerteventurę z północnej Afryki, zamieszkiwali oni jaskinie jak również wkopane w ziemię szałasy. Za ich czasów wyspa podzielona była na królestwo północne- Maxorata oraz południowe – Jandia, które oddzielał wysoki kamienny mur- do dziś dzień jego pozostałości można oglądać w okolicy miejscowości o wymownej nazwie La Pared, czyli „ściana”. 
Fuerteventura znana była już starożytnym Rzymianom, którzy nazywali ją „Planarią”, ze względu na posiadane charakterystyczne płaskie ukształtowanie terenu.
W XI wieku p.n.e. na Fuerteventurę i sąsiednie Lanzarote przybyły statki Fenicjan, a prawie 200 lat później o wyspie wspomniał Homer w „Odysei”. 

I chociaż europejscy kupcy i handlarze niewolników wielokrotnie próbowali podbić wyspę, to uległa ona dopiero konkwistadorom. W 1404 roku francuski zdobywca działający z przyzwolenia króla Kastylii -Jean de Bethencourt zdobył wyspę i wprowadził na niej system feudalny. Jemu także przypisuje się jej nazwę, bowiem to Bethencourt przybywając na wyspę miał wykrzyknąć słowa: „Que forte aventure!”, znaczące tyle co „Cóż za wielka przygoda!”. Inne- mniej podniosłe wytłumaczenie nazwy Fuerteventura nawiązuje do nieustannie wiejących tutaj silnych wiatrów (fuerte viento), zatem nazwa tłumaczona byłaby po prostu jako „silny wiatr” lub „wydmuchowisko”. 
Od nazwiska słynnego zdobywcy pochodzi bez wątpienia nazwa stworzonej przez niego pierwszej stolicy wyspy- Betancurii- miasteczka w zielonej i bezpiecznej wobec ataków piratów dolinie. Przez kolejne stulecia wyspa zaludniała się powoli lecz systematycznie, istniało jednak w dalszym ciągu zagrożenie ze strony piratów, dlatego nowi przybysze osiedlali się zazwyczaj w głębi lądu. Kolejni władcy feudalni mieli ją w swoim władaniu do czasu, kiedy król Hiszpanii w XVI wieku mając na celu bezpieczeństwo i ład na wyspie, zarządził wojskowego jej dowódcę. Od tej pory wojskowi odgrywali coraz większą rolę na Fuerteventurze, a w XVIII całkowicie ją przejęli. 
W 1852 Izabella II ustanowiła na Wyspach Kanaryjskich strefę wolnocłową, co w znacznym stopniu przyczyniło się do wzmożonego ruchu morskiego, poprawiło również sytuacje ekonomiczną mieszkańców. W 1912 roku Wyspy Kanaryjskie otrzymały prawo do własnego samorządu, a piętnaście lat później  Fuerteventura i Lanzarote stały się prowincją Gran Canarii.
Dalszy rozwój wyspy został zachwiany przez Pierwszą i Drugą Wojnę Światową, jak również przez Hiszpańską Wojnę Domową, trwającą do 1939 roku i zakończoną dyktaturą Generała Franco. I chociaż w latach 40-tych XX wieku powstało tutaj pierwsze lotnisko, to dopiero dwadzieścia lat później, pod koniec rządów Franco, zaczął się wzmożony ruch turystyczny i początki budowanej pod tym kątem infrastruktury.
Od tego czasu z roku na rok cieszy się ona coraz większym zainteresowaniem turystów, którzy korzystają z jej przyjaznego klimatu i najdłuższej pośród wszystkich wysp archipelagu linii brzegowej pokrytej złotym piaskiem.  
W 2009 roku Fuerteventura została uznana przez UNESCO za rezerwat biosfery.